Una caldera de biomasa bien diseñada y operada que quema combustible dentro de las especificaciones de la caldera no debería producir humo, pero se puede producir humo negro si el combustible está demasiado húmedo para la caldera. Todas las calderas de biomasa producen algunos óxidos de nitrógeno (NOx), particularmente. dióxido de nitrógeno (NO2) Si bien las emisiones de NOx de las calderas de gas se han reducido significativamente en los últimos años mediante el uso de quemadores de bajo NOx que queman a una temperatura ligeramente inferior a aquella a la que se forma el NOx, la naturaleza de la combustión de la biomasa y la necesidad de garantizarla. La combustión completa de los gases de la madera significa que la combustión se produce a una temperatura en la que el oxígeno y el nitrógeno atmosféricos pueden combinarse químicamente. Cuanto mejor sea la calidad del sistema de control de la combustión en una caldera de biomasa, menores serán las emisiones de NOx de la biomasa. Las calderas producen menos NOx que las de gasóleo. Las calderas de biomasa no producen óxidos de azufre (SOx).