Una caldera de biomasa bien diseñada y operada que queme combustibles de acuerdo con las especificaciones de la caldera no debe producir humo, pero se puede producir humo negro si el combustible es demasiado húmedo. Las emisiones de NOx de las calderas de gas se han reducido en los últimos años mediante utilizando el quemador de bajo NOx que se queman a una temperatura ligeramente inferior a la de las formas de NOx. La naturaleza de la combustión de biomasa y la necesidad de garantizar una combustión completa de la madera significa que la combustión tiene lugar a una temperatura en la que el oxígeno y el nitrógeno de la atmósfera pueden combinarse químicamente. La calidad del sistema de control de la combustión de la caldera de biomasa determina las emisiones de NOx. En general, las calderas de biomasa producen menos NOx que las de aceite. Las calderas de biomasa no producen óxidos de azufre (SOx).